我自己有遇過這個問題~~
我試過多次發現
如果用TMPGENC 3.0 版 轉 WMV 的話
右下角真的沒有綠色箭頭 轉出來沒字幕 但是如果把副檔名改成AVI的話
就可以了，很神奇，我也不知道為啥會這樣

至於會出現錯誤
我個人推測是暴風影音的問題
我之前轉檔的時候 (有外掛字幕的才會)
用暴風影音 5.07版 就正常 用6以上版本 都會出現錯誤 無法轉檔
經過自己的測試 發現5.07以上版本 轉沒有外掛字幕的都正常
可是轉有外掛字幕的 TMPGENC 都會錯誤不能轉
然後就去查 5.07 版本 跟之後的字幕軟體有啥不同
結果就是 VSFilter.dll 這個檔 從 1.0.0.9 升級成 1.0.1.3
後來我把暴風影音5.07附的VSFilter.dll 抓出來
新版暴風灌完的時候 就用 VSFilter.dll 1.0.0.9 去取代 1.0.1.3
目前暴風 6.09.15 搭配 TMPGENC 3.0 轉檔都很正常~~
這是一點個人使用的小小心得分享~~~
至於VSFilter.dll 1.0.1.3 跟 TMPGENC 有衝突的原因
小弟就不知了，期待板上有大大能解答~~