感謝各位大大們的回覆，首先說明所謂目前公司和新舊公司的部分。
時間軸大概是這樣
目前公司 --> 想到現行職務技術無關，但未來可能會用到的發明專利，所以先去申請。
公司A --> 使用申請發明專利的技術概念，進行軟體開發。
公司B --> 使用申請發明專利的技術概念，進行軟體開發，但程式碼重寫，不直接套用在公司A用的程式碼。
想說這樣就可以避免一些麻煩。

原先以為發明專利申請是一件很困難的事情，但後來發現，似乎也不是那麼回事，在軟體來說，只要限縮適用範圍，加上多一點的成立條件，再找專利師溝通按照規範的格式寫下，其實過關的機率挺大的，但重點就是要錢錢錢~~~

不過我似乎想得太簡單了，原本想說專利申請到，可做為保護自己開發相關軟體的權力，可是看完幾位大大的說法，是說專利申請到，但有部分踏到其他人的專利，其他人是可以來告你的？這我倒是沒想到這樣的結果，回到我的初衷，這樣去申請專利好像是自找麻煩哪...