kouyoumin講的都對，不過我再補充一點點

假如你最後要做成44kHz的檔案（如VCD），直接錄成44kHz會比較輕鬆，
錄成48KHz之後要再用軟體轉品質未比比較好（視軟體而定）

而且因為多了一些步驟，也比較容易出問題（例如用TMPEG做48->44kHz不用外掛程式就會出現爆音）

當然，不怕麻煩的話可以錄成48kHz