看說是晚上從石垣島出發，隔天一早抵達台灣

應該是夜航航班
至於中途
有沒有停靠.其他日本離島.需等待日方公布

可能跟馬祖客船一樣
新臺馬輪
基隆22:30開~早上08:30到馬祖