是不確定有沒有計入蒸發量? 不過，我猜是有。

原因是雨量可以用雨量計測量，溪水流入量不好去個別溪流設置流量計吧，大大小小太多了。
下雨可以用雨量計，所以流入量猜是直接用水庫水量(扣除雨量)差來推算。
若真是這樣，流入量應該是包含了蒸發量。

我不是專業人士，以上也只是推測而已。
搞不好真的有去個別溪流裝置流量計

補，
再 google 了一下，石門翡翠都有設置蒸發皿來計算蒸發量，推測其他水庫應該也有設置。
另外也找到這份 PDF
https://www-ws.wra.gov.tw/001/Uploa...77289473619.pdf
文末附註寫到:
『8.損耗水量顯示負值：烏山頭水庫因入流量，主要由東口堰引取曾文水庫排放水，表列損耗水量之計算，係以東口取水量為基準 ，反推算結果，枯旱期間之耗損水量，包括水庫蒸發量及營運損失量，
而汛期間則反推算烏山頭水庫集水區進水量。 』

所以蒸發量實際還是用推算的?