只是不同牌子的包包 (封裝格式), 影音的品質取決於放包包裡的東西, 跟包包無關.

MP4 會比較流行, 是因為多數的 browser 的 html5 video 直接支援 mp4 封裝的 h264 影音.
同樣的東西, 用 mkv 的話, 目前就只有 Chromium based 的 browser 支援 (其實也很多了, 目前應該八成以上都是吧).