看描述，應該是使用MVC架構的Framework，先找原始碼看看使用哪種 Framework ，在看看是不是apache的設定有狀況，AllowOverride All 跟 .htaccess是不是有在運作，log看看能不能找出問題。
說真的，明明沒有維護能力，卻喜歡把東西弄回自己公司維護，以為這東西就像家電一樣讓他丟著跑就沒事了，還不簽維護合約，哪天把自己做死了都不意外。

建議樓主直接讓公司花錢吧，別淌渾水把事情往自己身上覽。