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除此之外，美國還考量到蔣經國的健康問題。當時蔣經國已經病危，眼見大限將至，美國很擔心一旦蔣經國逝世，李登輝可能控制不了郝柏村。他們評估郝柏村的政治企圖心旺盛，在重要問題上很可能採取不合作的態度。美國不希望看到後蔣經國時代出現軍事強人，因此才會趁蔣經國還在的時候掀開問題，藉此拉下郝柏村。

但張憲義叛逃發生後，並沒有任何人員受到懲處，包括郝柏村在內，這除了蔣經國幾天後就逝世，台灣政壇出現一段空窗混亂期外，也和美方考慮到當時台灣能夠有效核武研發組織的人仍是郝柏村，需要他協助處理台灣接下來的政軍局勢，讓郝留在位置上，借重他的權威，可以好好地穩住台灣的政局與軍心。

郝柏村似乎也察覺到美方的意圖，當年丁大衛訪問臺灣時，郝柏村曾指示中科院院長葉昌桐針對張憲義的事情要以低調、淡化的方式處理，將對台美關係的衝擊減至最低。另在一九八九年六月左右，葉昌桐、許歷農代表郝柏村訪美，和CIA與軍事相關人員會談時，他們表示已發生的張憲義事件就讓它過去吧（Let bygones be bygones.），並建議繼續加強台美之間軍事情報交流的管道。

郝柏村雖然刻意淡化張憲義叛逃事件，內心則難掩痛心、憤慨與難過。2007年出版的「教戰記」，記載1988年7月2日他主持中正理工學院應屆畢業典禮的講話。當時張憲義叛逃已有六、七個月之久，郝柏村當著中正理工學院全校師生的面前，大罵這位出身中正理工的校友，「出賣自己 、出賣國家、是一個唯利是圖受僱於外國人的間諜，一個出賣祖國的無恥漢奸！」

對於叛逃的指控，張憲義在訪談中則說：「我不曾背叛蔣經國的政策宣示，我也沒有背叛台灣百姓的福利，唯一與背叛扯得上關係的是，我背叛了郝柏村，減弱他在軍方或政治圈的影響力，讓他的氣燄被壓了下來。」

事實證明，郝柏村的實權確實因為這件事而一落千丈，後來升任國防部長又擔任行政院院長，但真正的軍權卻受到很大的衝擊。張憲義認為這應是李登輝和美國所達成的協議，他們採取「明升暗降」的方法，平順地拔除郝柏村的軍權。若郝柏村繼續控制軍權，變成所謂的軍事強人，就會凌駕於李登輝之上，李登輝不希望看到這種局面，美國也是。