1979年與陳彩鸞結婚，1996年離婚，結褵十七年，育有一子。在與前妻婚姻存續期間就另結新歡方淳珍，她兩年前進入林清玄文教基金會服務，自此滋生愛苗。1997年三月隨即娶了她。結婚三個月太太就要臨盆，引來婦女團體撻伐，在「林清玄教育文化基金會」門口焚燒他的書。有人在網路上大罵他是「偽君子」、「說一套，做一套」，甚至有人準備好雞蛋要「蛋洗」林清玄。很多作家及他的知己，也同樣責難他，認為林清玄要對普羅大眾負責。因為社會觀感急轉直下，不得不一度取消所有演講，最慘的時候，只剩星雲法師願意伸援。後來到中國大陸另起爐灶。