灰指甲這病症，治療的方法就是保護新生指甲，不受黴菌感染，然後藉由自然的新陳代謝，汰換掉已經受感染被破壞的指甲，等整支指甲都長新的，而且有受到保護沒被黴菌入侵的話，自然就好了。

手的指甲，要花三個月整個換新，手的大拇指，要花約半年，而腳的大拇指則要更久，需要花一年以上，也就是說，藥要擦到超過相對應的指甲的生長週期以上的時間，才能完全根治。自費藥較貴，但用法像擦指甲油一樣，擦一次可以維持5~7天的保護效果，比較不麻煩。而一般的抗黴菌藥水，則是需要每天早晚各擦一次，有耐心持之以恆的話，也是有效果，價位一百~兩百元就能買到。拿擦香港腳的藥膏來擦，也會有作用，但因為劑型設計是針對皮膚，所以滲透效果沒有藥水好，藥效持續時間不長，也是需要每天擦兩到三次才行。