FLAC 或 WAV 都是訊號儲存格式。最終都是還原為 LPCM 送到 audio playback 設備 (音效卡、擴大機)。
也就是說，處理 FLAC/WAV 的工作，是在影片播放軟體這一邊進行。

一般影片內的 FLAC 多聲道音軌內容，理論上是從影碟上的 LPCM 多聲道音軌擷取下來的。
因為 LPCM 5.1 無損、無壓縮，極佔空間。擷取下來後，剛好用無損壓縮的 FLAC 格式保存。

如果影碟只提供 DTS/Dolby 音軌，一般也是解碼為 LPCM 後再擷取下來再用 MP3/AAC/FLAC 等壓縮技術儲存封裝。
但 DTS/Dolby 是有損壓縮格式，解碼後的 LPCM 訊號音質將劣於純 LPCM 音軌。
我不清楚是技術問題或法律問題(DTS/Dolby有專利)，我個人沒看過直接把 DTS/Dolby 格式封裝到影片檔的例子。

總之呢， FLAC 5.1 會由播放軟體解碼為 LPCM 。
送到擴大機的訊號應該就是 LPCM 5.1 ，所以 DTS/Dolby 不會點燈應該是正常的。

但我沒有環擴，我看影碟時的 LPCM n.1 或 DTS-MA 音軌都是用播放軟體解碼(PowerDVD 藍光旗艦版)，再透過電腦音效卡的多聲道類比輸出接擴大機(多台綜擴)。
我不知道環擴實際上會亮什麼燈。只是提供一些理論意見。