主條目：紅火案
2006年因涉入中信金海外結構債交易案，即紅火案，請辭中信金副董事長一職，隨後潛逃至日本。2007年11月24日自日本返回台灣首度公開說明中信金插旗兆豐金等案情，並轉為汙點證人，協助釐清扁案的來龍去脈。曾被特偵組指控涉入龍潭購地案[3]。

2011年，他在紅火案中作證表示，給扁家三億是偽證，是因為怕被羈押[4]，但是特偵組聲明除辜仲諒之外，另有其他證人證實辜仲諒有給錢，陳水扁、吳淑珍也承認有收到錢，辜仲諒在紅火案的證詞應為訴訟策略[5]。2013年6月，紅火案改判，辜仲諒改重判9年8月。[6]2014年8月，紅火案二審判決遭撤銷，發回台灣高等法院重審。[7]


特偵組要辜仲諒咬阿扁，說有給他三億，這樣就可以轉汙點證人回台灣
結果辜仲諒後來翻供說他沒給阿扁錢，特偵組灰頭土臉
回過頭來弄他，早晚的事呀！這口老鼠怨能不報嗎？特偵組∼