東京站原本就是首都的大站就像台灣的台北車站，
台灣高鐵在台北也是直接進台北車站啊。
然後你舉的這幾個站都是東海道新幹線1964通車時就有的車站
那個年代要取得用地相對容易。但即使這樣，大阪還是因為這個問題
沒有讓新幹線直接進入原本的大阪站，而是選擇蓋新車站。
另外博多自古就是九州的大城市。而且九州新幹線新八代到博多這段，
也是既有路線標準化後來的。新八代也是離原本八代車站有段距離。