我只能建議 學ffmpeg 怎麼用吧，光這個軟體就可以解決你大部分的問題(mux demux x265...) 需要的裡面都有
個人偏好直接做平移不要再編碼，除非這音軌不單純 需要用編輯軟體做一些處理才能使用

不要用x265 它只有低流量有優勢，流量越高(crf20 或更好) 畫質越容易被x264比下去
看你用crf 27 應該也不是要收藏，算了隨便你 如果你接受的了x265的速度

另外敘述的東西有點模糊
video A+ audio A、video B+audio B
想要video A+ audio B這樣？audio A 跟audio B 長度又有點不同？
就demux 把檔案處理過後 mux 回去

64kbps 基本上建議HE_AAC_V2 這是libfdk_aac
ffmpeg有支援 但是它授權問題 一般ffmpeg不會有這個
如果你會編譯就自己編譯加上去就可以，不會的話ffmpeg hi 有編譯上去

乾脆你把範例弄到mega上，寄短訊給我
這基本上是幾分鐘 甚至幾秒鐘(看檔案大小、問題嚴重性) 就能解決的事