關於這個，我曾經看過一個說法也覺得有點合理...

當時的新選組，因為情勢混亂，為了保護組織，對外用假名，所以就用「新撰組」，
而幕府對該組織的名稱就用「新選組」，一來可能是對下所以用真名，而暗黑點的想法可能是對方怎樣跟他們也沒啥關係吧...