一般這類的檢查會在 unmount (windows 不知道該用什麼名詞) 的狀態下處理.
如果你打開檔案總管, 會發現這時是無法存取這個磁碟的. 等處理好會再 mount 回來.

而且這檢查與 "檔案內容" 沒什麼關係, 只是檢查檔案結構 (頂多加上磁區讀取).

防毒軟體通常只有開機磁區才會直接檢查, 一般的檔案... 會等實際讀寫檔案才檢查.
所以會有你說的那個結果.