M$被罵N年的問題了，

貌似從windows這個介面出現以來就有這問題，

DOS沒摸很久，不熟。
(那時候也沒有什麼超大檔案，硬碟都很小)

超大檔案的I/O都極差，

跟樓上建議的一樣，用備份軟體會好些。