這看起來就比較像是作業系統本身的行為了。
因為Marvell控制器基本上是被作業系統視同SCSI裝置，所以優先度會比南橋高。
這問題可能需要去請教微軟了（微軟FAQ只有說設定一次就可以鎖住了，不過沒有提到改變裝置數後重開會不會有該問題）

順便問一下，你在新增又移除後，你的硬碟順序是正常的嗎？（想知道是重開機後才跑掉，還是新增又移除新裝置後就發生了）