台灣早期漢人和平埔族、高山族通婚的比例有多少我不知道，也許要透過DNA檢驗？

明代沒有統治過台灣吧？關於清治時期大陸移民台灣的情況，節引維基裡的台灣條目：
http://zh.wikipedia.org/w/index.php...3&variant=zh-tw

------------------------------------------------------------
台灣清治時期始於清朝將領施琅於1683年攻取台灣，1895年甲午戰爭後割讓給日本為迄，實質統治臺灣的時間計212年。

1684年4月，台灣正式納入中國版圖，是台灣有史以來首次被收編為中國的一部分。在17世紀初期清朝政府起初對於台灣的統治採消極政策，治台政策盡量以較低的成本來經營建設，並視情況鼓勵人民開墾，先是將十幾萬在荷鄭時期就已居住在台灣的居民強制遣返大陸原籍，再對大陸人民移民台灣嚴格限制，禁止攜帶家眷，但中國大陸沿海省分仍有不少人民冒險偷渡來台，在台灣西半部各地落腳定居，後來慢慢開始有向台灣東部開墾的行列，但為數不多[25]。由於初期清廷從大陸派來的官吏素質粗劣、官民間語言的隔閡、以及清廷對台灣住民的高壓政策等，造成武裝起義或騷擾事件不斷發生，1721年的朱一貴事件、1786年的林爽文事件、以及1862年的戴潮春事件，被稱為清朝統治下臺灣的三大「叛亂案」。

到了18世紀乾隆後期開始出現大量開墾移民，而此台灣移民又以漳州人與泉州人居多。由於先來後到的土地分配衝突而相繼發生泉漳械鬥武裝衝突爭執。清治官衙控制力薄弱，無法禁絕遏止，地方官甚至藉漠視兩方爭鬥與分化，造成兩敗俱傷以削減可能的叛亂力量。這種族群間的對立，造成經濟與文化交流的更加困難。經19世紀末期兩族群許多地方仕紳努力，才逐漸有所改善。不過到如今，族群分立觀念仍多少還是受其影響。

19世紀中葉以後，隨列強逐步由海路進逼中國，台灣在1860年起，開放部分港口開放對外通商。鴉片戰爭期間，自1841年9月起英國艦隊數度出現台灣外海，試圖佔領北部基隆港與西海岸中部梧棲港，但都歸於失敗，這是帝國主義列強對台灣清治時期第一次野心的行動。


1867年的打狗港哨船頭1874年，日本藉台灣南部原住民殺害琉球漁民事件，出兵恆春半島，即「牡丹社事件」[26]。這對清廷以往消極的台灣經營成為一種警訊。清廷在日軍出兵台灣後的1874年5月27日，迅速派遣沈葆楨來台，顯著地強化台灣的防衛力量，並革新台灣行政、以積極政策使台灣發展。由其繼任者、福建巡撫丁日昌繼承下來。隨後1884年，中法戰爭中法國軍隊出兵澎湖群島及台灣北部[27]。這都讓清朝更加重視台灣在海防上的重要性。

1885年，清朝設立台灣省[28]，並由劉銘傳出任台灣首任巡撫。

1884年中國與法國因越南的戰爭爆發，使得劉銘傳被清廷重新啟用派往臺灣。劉銘傳在臺灣時多次擊敗法軍登臺的計劃，在滬尾大捷中最終使法軍放棄登臺。1885年清廷將臺灣從福建分離出來建立臺灣省，劉銘傳任巡撫。到1891年為止劉銘傳在臺灣設立防禦措施，整理軍備，同時也在臺灣開發和建立了許多基礎設施，他督台期間臺灣的第一條鐵路開通，從基隆港到新竹，臺灣與福建之間的第一條電纜被鋪設，此外他還建立了電報局、煤務局、鐵路局等一系列管理機構，使台灣在短短五年間成為當時中國最進步的省份。[29] 但是劉銘傳的新政並沒有考慮到官吏的廉潔以及台灣本身財政負擔的問題，導致台灣省財政負擔大幅增加，官員貪污頻繁，以及人民的反抗。1889年彰化就曾經因為清田賦問題而爆發「公道大王」施九緞的叛亂。

而後至1894年12月由唐景崧就任台灣巡撫。時已正發生中日甲午戰爭，由於1894年到1895年清廷在甲午戰爭的失敗，清廷簽訂馬關條約將台灣和澎湖之主權讓給了日本政府。台灣人建立台灣民主國對抗日本，以青天白虎旗當作國旗，以唐景崧就任臨時大總統，劉永福任大將軍，但在器械不夠精良和列強認為台灣民主國並沒有完全脫離跟清朝的關係下（國旗與清朝國旗對應，並追隨清朝，年號「永清」），並沒有幫助台灣民主國，日軍於貢寮登陸，台灣民主國兵敗如山倒，日本接收台灣。