有這功能的軟體實在太多了
Allok
WinAVI
Xilisoft
這三家的基本上一堆有
(有一堆類似的公司出類似的東東)
(WinAVI那家常見的有WinAVI 3GP MP4 PSP iPod Video Converter、WinAVI Video Converter)

大多數的裡頭預設就是同步
WisMencoder v1.99
就是一例(有些看不到選項並不代表它就不支援)

不少的是可以調整Framrate
裝在我系統裡頭的Allok 3GP PSP MP4 iPod Video Converter能設置的就是23.976(就常見的那幾個，23.976，25，29.97，30)
Total Video Converter就比較猛一點，可以手動自己改你想要的Framrate

TMPGEnc 4.0 XPress其實也可以，效果還比較好
不過轉換的速度有點抱歉(Codec也要裝對，咳咳)

本身檔案有問題的
你設置同步是沒有用的
有問題的出來還是有問題

個人比較喜歡影音各別處理過(最後再合併起來的)

還有
Codec影響很大，亂七八糟來源的少裝

有些要多嘗試才會知道效果好不好(TMPGEnc Plus配x64某版轉某種來源檔某版就常出問題)