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2005年中旬，由於E1000型機車設計不良導致故障連連，列車經常行駛到半路後當機停擺，造成許多延誤，台鐵因此遭受很大的責難。為了減輕營運的壓力，當局在2005年8月一口氣將四班正班車及假日用PP車行駛的加班車停駛，部份車況不甚良好的編組也以加掛輔助機車行駛，以避免無車可用及列車故障停擺的窘境。

經過監察院審計部的調查後，發現台鐵在PP車的合約管理上諸多問題。因韓商現代精工併入韓國軌道車輛(ROTEM)後，台鐵並未對這個變化做出適當的應變措施，並放任合約廠商繳交的5.2億履約保證金過期，而失去制衡廠商的利器，才會導致日後的權益受損。而韓商悄悄撤離台灣後，相關負責機關也未積極辦理求償，直到列車故障連連時才發覺事態嚴重，多數的問題都是因為牽引馬達有重大瑕疵，行駛途中當機而造成出力不足，而且備用零件取得不易無法維修，最後終於賠上全體民眾行的權利。

台鐵目前的主力車種如PP及EMU500、EMU600皆購自韓國廠商，但在列車製造商無預警撤回駐台維修人員的情況下，主力車種的使用前景堪慮。因此交通部長林陵三在其任內下令禁止南韓廠商再度來台投標列車採購，以逼使南韓政府出面協調，但目前仍無明確解決方案。