今天早上上網找了老半天
終於找到兩種方法
可以讓作出來的mkv時間軸正常動作
一個是使用Graphedit
另一種則是使用mkvtoolnix-0.9.2 (0.9.5作出來的時間軸會不正常)
至於Media player classic播放時
Subtitles為灰色無法選擇的問題
則可以於播放時點選右下角的綠色箭頭,按右鍵選擇字幕
雖然還不完美,但應該還是可以勉強接受了
不過還是希望可以找到更好的方式