我是用WinMerge，比對完左右兩邊可以檢視差異
左到右或者反方向右到左要複製or移動都可以
左方獨有或者右方獨有的檔案也可以分開撿視
而且可以設定遮罩文件跳過不想比對的副檔名
比較新的軟體就沒試過了