經過一些研究，發現只要簡單的hack就可以解決這個問題了。

1. 下載 XN Resource Editor

2. 利用 XN Resource Editor 開啟目標 .exe 檔。

3. 找出 Manifest 定義，加入下面定義：

<application xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v3">
<windowsSettings>
<dpiAware xmlns="http://schemas.microsoft.com/SMI/2005/WindowsSettings">true</dpiAware>
</windowsSettings>
</application>

必要時 assembly 定義改成：
<assembly xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v1" manifestVersion="1.0" xmlns:asmv3="urn:schemas-microsoft-com:asm.v3" >

4. 另存新檔，完成！